黒潮党盯上了持有村上水軍留下的秘宝线索的お静。老中・松平定信命令遁兵衛和真之介去保护她，由此，他们的战斗拉开了帷幕。

寛政2年（1790年），江户城部分区域及市区内，纵火引发的火灾频繁发生。遁兵卫居住的伊贺组屋敷也遭遇火灾，潜入的忍者将遁兵卫的同僚左平内（川副博敏）伪装成自杀杀害。这是忍び七十三流之一的白山流忍者錣甚五佐（牧田正嗣）所为。此后，甲州流、户隐流等“忍び七十三流的末裔”各流派忍者接连现身，不断向秋草发起挑战，企图取其性命。在这些忍者背后操纵的甲贺的金刚（天津敏），让七十三流的忍者相互竞争，向对幕府心怀不满的诸大名展示他们的实力，试图让大名们雇佣这些忍者，使世间重回忍者能充分施展能力的战乱时代。为了与七十三流的忍者对抗，秋草和遁兵卫沿着中山道前往甲州街道继续旅程。故事终盘，幻流忍者瞳太不仅觊觎秋草的性命，还盯上了处于忍者顶点的金刚的性命和地位……

松平定信（加賀邦男）命令雾之遁兵卫等伊贺同心三ノ组的三名忍者潜入有抜け荷疑惑的九州肥前不知火藩，之后这三人失去了消息。担心遁兵卫安危的秋草前往九州，却发现不知火藩中，忍者集团傀儡忍者的头领黑风堂幻心（大竹タモツ），正操纵着对幕府怀有敌意的藩主不知火雅楽頭（森山周一郎），利用抜け荷赚取的资金获取大量武器弹药，妄图武力推翻幕府。潜入不知火藩的秋草救助了被要求协助抜け荷工作的隐れ切支丹们，并与黑风堂幻心及傀儡四天王展开对决。傀儡忍者企图取秋草性命，甲贺的金刚（天津敏）为亲手打倒秋草来到九州，还与黑风堂幻心为敌，秋草、傀儡忍者和金刚三方之间的战斗就此展开。

天明8年（1788年），京都禁裏（御所）在大火中烧失，尾张德川家作为德川御三家之一，在禁裏重建相关政治工作中迅速接近朝廷。不仅如此，它还掌握了将军家斉所在的一桥德川家的不利弱点，企图逼迫家斉退位以夺取将军之位。松平定信（大宮敏）察觉到尾张藩的不轨动向，为阻止其阴谋、守护家斉的地位，便带着家臣踏上京坂巡视之旅。然而，途中尾张藩派出以百々地源九郎（勝木敏之）为首的忍者集团——伊贺十忍，他们奉密令暗杀定信，早已埋伏在道路旁伺机而动。秋草与从伊贺同心中挑选出的雾之遁兵衛（牧冬吉）等9名忍者一同，一边负责定信的护卫工作，一边以东海道为战场，与伊贺十忍展开战斗。

德川二代将军秀忠时代，家康之孙松平信太郎在禅寺中长大，过着与政治无关的生活。一日，信太郎救下一名遭忍者集团袭击而受伤的忍者，此人名叫贺夜猿，是伊贺的逃忍。机缘巧合下，信太郎接到大御所家康的命令。原来，家康忧虑支持秀忠的本多上野介掌控政治实权，利用伊贺忍者推行残酷政策。为回应家康“代替自己惩处天下恶行、纠正政治错误”的愿望，信太郎为了正义踏上旅程。 主人公隐秘剑士松平信太郎由荻岛真一饰演，这部作品将时代剧与青春剧氛围相融合。配角方面，曾在前作中饰演雾之遁兵卫的牧冬吉扮演信太郎的搭档贺夜猿，而在前作中就出演反派的天津敏，此次饰演率领赤目十人群的宿敌赤目幻幽斉，延续了系列风格。

三旺脾气暴躁，弟媳杜鹃仗义相助，引发家庭矛盾。春丽内心苦闷，与旧识建业相遇谈心，却被丈夫误会，导致意外落水。谢老汉心力交瘁，最终召集全家商议家事。分家现场，春丽获得应有补偿，老汉道出多年积蓄，这个传统大家庭面临新的选择。故事展现农村家庭的情感维系与观念碰撞，交织着夫妻矛盾、代际沟通等现实议题。

恶棍本特居然没死，他和爱什顿一起去找梅因一家报仇。爱什顿对梅因的庄园垂涎已久，本特趁奥里毫无防备时将其刺死。玛德琳并不知道是谁杀死了奥里。爱什顿没料到本特会杀害哥哥，于是把本特推进河里后逃离现场，后来沦为了妓女。查尔斯遇见了女演员维拉，两人相爱了。但他不得不前往西部与印第安人打交道。奥里的哥哥库伯想尽办法想要得到玛德琳的土地。本特没死，又去找乔治寻仇，还杀死了康斯坦斯，之后绑架了查尔斯的儿子。乔治决心除掉本特，找到查尔斯后两人联手将本特杀死。阿什顿结识了一名嫖客并和他结了婚。二人回到查尔斯顿找库伯收购玛德琳的庄园，没想到买到的旧庄园早已变成一片废墟。库伯联合三K党准备偷袭玛德琳的庄园，好在库伯的妻子提前通知了玛德琳。乔治在玛德琳受袭被抓时及时赶回，将她救了出来。两人一起规划未来的生活。

姬发联合四方诸侯进军朝歌。殷寿与通天教主大摆“九曲黄河阵”和“诛仙阵”。元始天尊携十二金仙下山，人仙妖三界大战一触即发……

三旺脾气暴躁，弟媳杜鹃仗义相助，引发家庭矛盾。春丽内心苦闷，与旧识建业相遇谈心，却被丈夫误会，导致意外落水。谢老汉心力交瘁，最终召集全家商议家事。分家现场，春丽获得应有补偿，老汉道出多年积蓄，这个传统大家庭面临新的选择。故事展现农村家庭的情感维系与观念碰撞，交织着夫妻矛盾、代际沟通等现实议题。